Pierwsza wiadomość o Czubrowicach pochodzi z 1337 r. i jest wymieniona wraz funkcją sołtysa czubrowickiego Hanko, który w r. 1362 sprawował funkcję ławnika sądu prawa niemieckiego na zamku krakowskim zgodnie z przywilejem króla Kazimierza Wielkiego z 1356 r. Pierwotna nazwa z r. 1337 brzmiała De Czubrowicz, ale w ciągu wieków ta nazwa ulegała przekształceniom, bo 1400 r. na dokumentach widniała nazwa Czubrow, natomiast w r. 1765 - Cubrowice i dopiero 1827 r. występuje nazwa współczesna – Czubrowice. Jest to nazwa patronimiczna od nazwy osobowej Czubr.

Czubrowice od zawsze aż do III rozbioru i upadku niepodległości Polski należały do dóbr królewskich i wchodziły w skład obszernej tenuty żarnowieckiej. Pierwsza wzmianka o przynależności Czubrowic do starostwa żarnowieckiego pochodzi z końca XV w., natomiast informacja o dzierżawie Czubrowic jest z 1444 r., gdy dzierżawcą był rycerz Mikołaj Synowiec z Kociny. Kolejni władcy przekazywali dzierżawę Czubrowic następnym posesorom za zasługi wojenne, zaciągnięte pożyczki, na sfinansowanie wypraw wojennych, lub jeszcze z innych powodów.

W Czubrowicach w ciągu wieków było uprawianych od 10 do 12 łanów, czyli ok. 160 do 196 hektarów, oprócz pól uprawnych folwarku dworskiego. W każdej wsi istniała karczma, również w Czubrowicach, o której wiadomość pochodzi z 1401 r., którą posiadał sołtys Jakusz Łątka, a była usytuowana w miejscu istniejącej obecnie kaplicy. Istniały też młyny wodne w liczbie od jednego do trzech, wraz z piłą. Do XVI w. mieszkańcom Czubrowic żyło się dostatnio, mieli nadwyżki produktów rolnych, które sprzedawali na pobliskich targowiskach. Dopiero od XVII w. nastąpiło stopniowe pogorszenie zamożności w związku ze wzrostem obciążeń na rzecz dworu, państwa i kościoła, oraz zniszczeniami wojennymi i klęskami żywiołowymi. Gospodarze Czubrowic skutecznie bronili się przed nadmiernymi obciążeniami, szukając sprawiedliwości w sądach królewskich od początku XVII w. aż do upadku niepodległości. Przykładem tego może być zatarg w sprawie daniny w zbożu, zwanej osep, na rzecz dworu. Mieszkańcy Czubrowic domagali się miary korca olkuskiego, składającego się 12 garnców, a nie korca krakowskiego, składającego się z 16 garnców, czego żądali posesorowie Czubrowiec. Ten zatarg był powodem rekordowo długiego procesu sądowego trwającego prawie dwa stulecia.

Z pierwszego spisu powszechnego uchwalonego przez Sejm Czteroletni dowiadujemy się, że w Czubrowicach mieszkało 397 osób [w tym 6 żydów] w 72 domach. Uwłaszczenie wsi w 1864 r. nie rozwiązało problemów bytowych mieszkańców, zwłaszcza tych małorolnych i bezrolnych. Jeszcze za czasów zaboru rosyjskiego, na początku XX w. trzy rodziny: Figurowie, Mirkowie i Hondlowie wyjechały na daleką Syberię, w pobliże Irkucka w nadziei na lepsze warunki życia zapowiedziane przez carskiego premiera Stołypina, który dążył do zagospodarowania Syberii. Osadnicy z Małopolski i z Zagłębia utworzyli wieś Wierchowina, zachowując język polski do naszych czasów [ stosując cyrylicę zamiast alfabetu łacińskiego ] i religię katolicką. Zburzony kościół za czasów stalinowskich został odbudowany. Są zakochani w Syberii i nie chcą już wracać do Polski.

W okresie międzywojennym Czubrowice odwiedził Jan Kiepura w okresie swej młodości. W wojnie polsko-bolszewickiej uczestniczyli mieszkańcy Czubrowic:Franciszek Wójcik i Jan Klich, którzy polegli pod Warszawą 15 sierpnia 1920 r. Podobnie było w wojnie obronnej w 1939 r. Pośród kilkunastu uczestników trzech poległo w boju, kilku dostało się do niewoli niemieckiej, a Teodor Woźniak do niewoli radzieckiej, z której dostał się do armii Andersa i z którą przeszedł cały szlak bojowy aż do zakończenia wojny.

W czasie okupacji wywieziono z Czubrowic na roboty przymusowe do Niemiec ok. 80 osób, również wcielano młodzież do służby „Baudienst”do bezpłatnej pracy przy budowie dróg i mostów, oraz torów kolejowych. Wieś była zobowiązana do zakwaterowania wysiedlonych Polaków z terenów polskich wcielonych do Rzeszy, oraz warszawiaków po upadku Powstania Warszawskiego. Kilkunastu mieszkańców Czubrowic zostało zamordowanych w obozach zagłady: Oświęcim, Ravensbruk, Buchenwald. 18 stycznia 1945 r. zakończyła się niemiecka okupacja.

W latach 1947-49 przeprowadzono elektryfikację wsi za uzyskane pieniądze ze sprzedaży pól gromadzkich. W 1956 r. powstał Komitet Budowy Drogi. Drogę od Przegini przez Czubrowice do Racławic wykonano w 1993 r. przy znacznym wkładzie społecznym. Remizę wybudowano w 1983 r., po jej wykończeniu nastąpiło poświęcenie w 1992 r. W 1918 r. odnotowano pierwszą informację o istnieniu szkoły w Czubrowicach, gdy nauka odbywała się w prywatnych domach. Dopiero szkołę budowano w latach 1971-72 również przy znacznym udziale pracy społecznej mieszkańców Czubrowic. Gazociąg, wodociąg i telefonizację wykonano w latach dziewięćdziesiątych przy znacznym udziale robocizny i kosztów budowy mieszkańców. Obecnie studia wyższe ukończyło już kilkadziesiąt osób. Na budowę salki katechetycznej uzyskano pozwolenie w 1987 r. W czerwcu na placu budowy odbyła się msza św., postawiono drewniany krzyż i ukonstytuował się Komitet Budowy Kaplicy. Kaplica w stanie surowym p.w. Świętego Jana Marii Vianney'a została poświęcona przez ks. bpa Jana Szkodonia 9 października 1988 r. Patronem jest święty francuski, patron wszystkich proboszczów katolickich. W 2001 r. wybudowano dzwonnicę i założono dzwon imienia Jana Pawła II. Wyposażenie kaplicy było zbiorowym wysiłkiem, oraz wielu indywidualnych ofiarodawców poszczególnych elementów wystroju kaplicy. Pod koniec lat osiemdziesiątych zbudowano Kalwarię Czubrowicką, czyli Drogę Krzyżową na dwóch wzgórzach zwanych „Na Skałkach”. Figury zostały wykonane przez Zdzisława Kościelniaka z Raby Niżnej. Na początku obecnego stulecia wybudowano Kanalizację, co stawia Czubrowice w czołówce rozwoju cywilizacyjnego nie tylko naszego regionu.