Król Władysław Łokietek przywilejem lokacyjnym powierzył Hermanowi szklarzowi skolonizowanie lasów Hutnica w r. 1329. Z analizy położenia tego lasu oraz z zawodu zasadźcy wynika z całą pewnością, że jest to przywilej lokacyjny wsi Szklary. Ten przywilej zwalniał osadników na 20 lat od wszelkich powinności, czyli na okres „wolnizny”, a zasadźca otrzymywał dwu łanowe sołectwo na tych samych warunkach. Na początku XIV w. znajdowała się tu jedna z pierwszych hut szkła na terenie Polski.

Nazwa tej miejscowości ulegała przekształceniom: od najstarszej Śćklary, następnie Sczklary, odnotowane w 1400 r., następnie użyto zwrotu „do granicze do sklarskey”. W 1525 r. nazwa ta brzmi Sczklary, a w 1581 r. Skliari, a dopiero w 1765 r. występuje współczesna nazwa Szklary. Ta nazwa jest nazwą służebną [zawodową]. Pierwsza wzmianka o Szklarach pochodzi z r. 1400 i 1416, gdy sołtysem wówczas był Jakusz Latoszek i gdy jest czterech kmieci :Loska, Jośka, Arnold i Marcin. Wieś miała zagospodarowanych siedem i pół łana ziemi. W końcu XIV w. właścicielami Szklar byli szeregowi rycerze, dopiero w 1434 r. zostały włączone do dóbr Jana Pileckiego. Jeszcze przed r. 1470 Szklary stały się posiadłością monarszą. Król Kazimierz Wielki uposażył zamek ojcowski w siedem wsi z prawej strony Prądnika: Jerzmanowice, Gotkowice, Bębło, Wierzchowie, Zelków, Szklary i Wielką Wieś, oraz w jedną wieś z prawej strony Prądnika – Smardzowice. Te wszystkie wsie zostały wyłączone ze starostwa krakowskiego.

W 1536 r. król Zygmunt I Stary nadał starostwo ojcowskie w dożywotnią posesję królowej Bonie, co trwało aż do r. 1556, gdy królowa wyjechała z Polski, zrzekając się wszelkich posiadłości. Dzierżawcą starostwa ojcowskiego, a więc i Szklar został Stanisław Płaza aż do r. 1578, który nie przestrzegał wymiaru obowiązujących świadczeń na rzecz zamku, znacznie je podwyższając i dopuszczając się oszustw przy poborze podatków państwowych. Te problemy były przyczyną wyjazdu w r. 1569 delegatów wsi Jerzmanowice, Gotkowice i Szklary ze skargą do sądów królewskich. Delegaci dotarli do Lublina, gdzie przebywał król Zygmunt August na sejmie, który uchwalał unię polsko – litewską, którą podpisano i zaprzysiężono 1 lipca 1569 r. Delegaci zostali przyjęci, wysłuchani i uzyskali dekret z 22 czerwca z pieczęcią królewską nakazujący staroście stosować sprawiedliwe prawa i zwrócić tym wsiom nadpłacone pobory i kary. Ponieważ jednak starosta Płaza, kalwin, nie wywiązał się z poleceń sądu królewskiego, już tylko chłopi ze Szklar ponownie udali się do króla Zygmunt Augusta w 1570 r., który wówczas przebywał na sejmie w Warszawie. Delegaci również dotarli do króla i uzyskali list napominalny z 29 kwietnia z rozkazami króla o bezwzględnym wykonaniu dekretu z 22 czerwca 1569 r. Te fakty świadczą, że mieszkańcy tych wsi królewskich byli światłymi ludźmi, dobrze zorganizowanymi, znającymi swoje prawa i byli zdolni do pokonania olbrzymich trudności w ówczesnych czasach.

Szklary zostały odłączone od Ojcowa w 1590 r. za czasów króla Zygmunta III Wazy i stały się samodzielną dzierżawą Marcina Borzęckiego, który utworzył folwark dworski, który przetrwał prawie 300 lat.  Według pierwszego powszechnego spisu ludności uchwalonego w 1789 r. przez Sejm Czteroletni w Szklarach było w r. 1791 ludzi 290 i 49 domów.

Po upadku niepodległości Polski w Szklarach istniał posterunek graniczny zaboru rosyjskiego. W czasie powstania styczniowego 5 kwietnia 1863 r., w Wielkanoc, doszło do bitwy pomiędzy oddziałem powstańców dowodzonym przez pułkownika Józefa Grekowicza, liczącym ok. 290 powstańców i Moskalami liczącymi ok. 500 żołnierzy dowodzonymi przez księcia generała Aleksandra Szachowskiego. Ta nie rozstrzygnięta walka była również mocno przeżywana w Krakowie po doniesieniach przez gazetę „Czas”, oraz opublikowane nekrologi poległych powstańców: Lucjana Korulskiego, w intencji którego odbyło się nabożeństwo żałobne w kościele oo. Kapucynów, oraz Bolesława Ostrowskiego i Władysława Pintowskiego, w intencji których nabożeństwo żałobne odbyło się w kościele oo. Reformatorów. Pierwsza wzmianka o istnieniu szkoły w Szklarach pochodzi z 1820 r. Dopiero jednak udokumentowana działalność szkoły pochodzi z 1930 r., równocześnie z założeniem Ochotniczej Straży Pożarnej.

W wojnie obronnej w 1939 r. brało udział kilkunastu mieszkańców, a na roboty przymusowe do Niemiec wywieziono ok. 40 osób, natomiast 3 mieszkańców i 2 uciekinierów, oraz 1 partyzanta Hitlerowcy zastrzelili na terenie wsi Szklary. Po wojnie przystąpiono do elektryfikacji wsi, którą wykonano w 1959 r., a drogę asfaltową do Jerzmanowic wykonano w 1965 r. Również przy znacznym wysiłku społecznym następnie wykonanie wodociągu, gazociągu i telefonizacji wsi.
Przez wieki Szklary należały do parafii Racławice wraz z Czubrowicami i Zawadą. Dopiero w 1974 r. w Szklarach rozpoczęło się duszpasterstwo , natomiast statut erygowania parafii p.w. św. Maksymiliana Marii Kolbe został wydany 1987 r. Parafia ta, jedna z najmniejszych, licząca 645 wiernych, należy do dekanatu bolechowickiego i archidiecezji krakowskiej. Kościół wybudowano w latach 1990 – 94 według projektu dra inż. arch. Przemysława Gawora. Poświęcenia kościoła dokonał ks. kardynał Franciszek Macharski. W czasie starań o budowę tego kościoła trzykrotnie wizytował Szklary ks. kardynał Karol Wojtyła.