Ślady osadnictwa na terenie Przegini pochodzą z okresu paleolitu, mezolitu, neolitu, eneolitu, o czym świadczą wykopaliska. Znaleziono również fragmenty naczyń i odłupki z siekier z okresu Imperium Rzymskiego. Nazwa Przeginia pochodzi od prasłowiańskiej nazwy pergybni, czyli okolicy górzystej, wsi leżącej na wzniesieniu, czyli jest to nazwa topograficzna. Ta nazwa ulegała w ciągu wieków przekształceniom ; w 1225 r. brzmiała Ulro Preghinam, a w 1228 r. pisano Castrum in monte Pregyna, natomiast w 1470 – 80 r. Jan Długosz w "Liber beneficiorum dioecesis Cracoviensis" pisze Przeginya.

Pierwsza wzmianka o najstarszej wsi w naszym regionie znajduje się w dokumencie bpa Iwo Odrowąża skierowanym do klasztoru imbramowickiego z 29 września 1228 r. w sprawie dziesięciny dla Norbertanek z terenów leżących pomiędzy Przeginią i Trzyciążem. Przeniesienie Przegini na czynszowe prawo niemieckie przez księcia Bolesława Wtydliwego następuje w 1276 r. Przeginia została zlokalizowana przy ważnym szlaku handlowym z Krakowa przez Olkusz, Sławków na Śląsk i początkowo była własnością książęcą, następnie monarszą, dopiero formalnie w 1422 r. król Władysław Jagiełło potwierdził posiadanie przez Piotra Szafrańca zamku Pieskowa Skała wraz z Przeginią i innymi wsiami za zasługi w bitwie pod Grunwaldem. Od tego czasu, aż do XIX w. była to własność szlachecka.  Przeginia była lokowana na 50 łanach komesowi Wierzbięcie, ale w ciągu wieków uprawiano od 17 do 22 łanów. Istnienie karczmy w Przegini w pobliżu kościoła jest potwierdzone już 1392 r. i ze względu tak ruchliwy trakt karczma pełniła rolę zajazdu, czyli zapewniała możliwość noclegu. Natomiast istnienie folwarku jest potwierdzone dopiero w 1728 r., a jego obszar w 1783 r. wynosił 274 morgi. Oprócz tego był jeszcze folwark plebański, który w XIX w. liczył 119 mórg i 264 pręty, w tym 24 morgi lasu. W posiadłości szlacheckiej była potrójna zależność chłopów od właściciela: gruntowa, osobista i sądowa. Formalnie było to ubezwłasnowolnienie ludności wiejskiej od właściciela, bez możliwości odwołania się od jego krzywdzących decyzji. Tylko mieszkańcy wsi królewskich mogli się odwoływać do sądów monarszych.

Istnienie kościoła parafialnego jest potwierdzone z lat 1325 – 27, gdy plebanem był „Andreas plebanus de Pregina” i opłata świętopietrza wynosiła 14 skojców. Pierwszy kościół był drewniany p.w. Św. Michała Wyznawcy, a okręg parafialny oprócz Przegini obejmował jeszcze: Olwin, Osiek, Sieniczno, Zederman, Zimnodół, a od 1611 r. również Kosmolów.  Właściciel klucza Pieskowa Skała w latach 1550 – 55 zamienił w swoich posiadłościach kościoły na kalwińskie zbory. Wierni z Przegini zostali przeniesieni do parafii Gołczewy. Dopiero w r. 1602 nowy właściciel Maciej Łubniecki zwrócił parafianom kościół p.w. św. Mikołaja. Nowy kościół murowany został wybudowany w 1662 r., którego fundatorem był Michał Zebrzydowski, miecznik koronny, o czym świadczy napis na płycie przed wejściem do skarbczyka. Nowy kościół p.w. św. Jana Chrzciciela i św. Michała Wyznawcy został poświęcony przez bpa Mikołaja Oboreckiego, sufragana krakowskiego. W 1663 r. istniał przytułek dla ubogich, również był czynny jeszcze 1846 r. W 1602 r. istniała szkła parafialna, z dłuższymi przerwami do 1817 r. Studentami Akademii Krakowskiej byli w latach 1424 Mikołaj, syn Marcina, sołtysa, a w r. 1440 Piotr, syn Andrzeja, natomiast w r. 1448 studentem był Stanisław, syn Andrzeja, późniejszego plebana w Przegini. Folwark przegiński o obszarze 216 morgów i 51 prętów w XIX w. wchodził w skład nowo utworzonych dóbr Gotkowice, do których wchodziła również część folwarku Wymysłów. Folwark posiadał budynek dworu, stodoły i bardzo obszerną owczarnię. Ostatni właściciel tych bóbr Krzysztof Mieroszewski w r. 1896 sprzedał całość, a nabywcą był Żyd Abram Mordka Ehrilich, który dokonał podziału na działki, które były sprzedawane okolicznym mieszkańcom. Ten obszar nadal nosi nazwę „Pańskie”.Uchwałę o budowie szkoły podjęto na zebraniu 21 listopada 1909 r. Władze carskie udostępniły drewno na jej budowę o wartości 700 rubli, które zostało przywiezione z Nadleśnictwa Klucze. Budynek o wymiarach 27,65 x 10,37 m. i wysokości 5,2 m. ukończono w 1912 r. Były tam dwie sale lekcyjne, mieszkanie dla nauczyciela [ 2 pokoje plus kuchnia ], ganek, stodoła-chlew i boisko szkolne. Inicjatorem budowy był proboszcz ks. Feliks Banasiński, przy wsparciu wójta gminy Sułoszowa, Jana Michalskiego. Budowano systemem gospodarczym.

Po wybuch I wojny światowej, Przeginia przez 5 tygodni, na przełomie listopada i grudnia 1914 r. znalazła się w zasięgu zaciętych walk po stronie austro-węgierskiej. Oprócz zniszczeń wojennych dokonano masowych rekwizycji produktów rolniczych. Głód i epidemie chorób zakaźnych zdziesiątkowały mieszkańców wsi. W czasie walk w okolicznych wsiach poległo ok 5000 żołnierzy, którzy zostali pochowani w mogiłach zbiorowych, dopiero po wielu latach ich ekshumowano. W czasie wojny polsko – bolszewickiej w 1920 r. brali udział mieszkańcy Przegini i pełnili służbę Pułku Lotniczym. W 1924 r. mieszkańcy Przegini gospodarzyli na 1717 morgach i 230 prętach. Było 208 gospodarzy. Oprócz tego było jeszcze 99 morgów 297 prętów gruntów „Poduchowne”, na których było 26 gospodarzy, czyli na obecnie zwanej „Nowej Wsi”. Ochotnicza Straż Pożarna została zarejestrowana 17 marca 1927 r., ale założona już 4 kwietnia 1926 r. Pierwszą remizę z desek wybudowano w 1932 r., natomiast prawdziwą remizę wykonano i poświęcono 31 maja 1936 r. Wówczas powstało również Kółko Rolnicze, zarejestrowane 26 marca 1929 r., prawie równocześnie z Kołem Gospodyń Wiejskich. Orkiestra dęta uformowała się we wrześniu 1934 r. Po zakupieniu 25 instrumentów za 1360 zł. szkolenie orkiestry prowadził Jan Krzstanek z Sąspowa. Po 2 latach opracowano 7 utworów [ marsze, walczyki ]. Istniały organizacje polityczne, np. BBWR, oraz ZMW „Wici”.
Ciągle była duża przewaga analfabetów, nawet sołtys był niepiśmienny. Dopiero od 1924 r. była szkoła 3 klasowa, a 7 klasową utworzono dopiero 1933/1934 r. Naukę rozpoczęli pierwsi gimnazjaliści.

W wojnie obronnej w 1939 r. brało udział wielu mieszkańców, pięciu poległo, niektórzy dostali się do niewoli niemieckiej, a dwóch do niewoli radzieckiej, z której dostali się do Armii Andersa. W czasie niemieckiej okupacji wieś doznała olbrzymich represji: kontyngenty, podwody, wyjazdy na przymusowe roboty do Niemiec [ ok. 200 młodych osób ], pobór do Junaków [Baudienst], którzy budowali m.in. linię energetyczną z Sieniczna do radiostacji w Jerzmanowicach. Od sierpnia 1944 r. codziennie 150 osób musiało kopać rów przeciwczołgowy, bunkry i rowy strzeleckie.  W czasie okupacji trwało tajne nauczanie przedmiotów zabronionych przez okupanta i na terenie Przegini istniały organizacje konspiracyjne AK, BCh, GL. 17 stycznia Armia Radziecka zajęła Gotkowice i Jerzmanowice, Niemcy jeszcze przez 3 dni bronili się w Przegini i rów przeciwczołgowy dzielił obydwie strony. Trwały zacięte walki z użyciem artylerii i niemieckiego lotnictwa, które z broni pokładowej ostrzeliwało pozycje radziecki. Pola wokół Przegini i Gotkowic były upstrzone od wybuchów pocisków. Były straty w ludziach i w zabudowaniach.

Po wojnie Przeginia nadal należała do gminy Sułoszowa, w 1950 r. utworzono gminę Przeginia, do której należały Jerzmanowice, Racławice, Czubrowice, Łazy, Gotkowice, Szklary i Sąspów. W 1954 r. nastąpiła likwidacja gmin, utworzono gromady i Przginia stała się samodzielną gromadą i dopiero w 1961 r. dołączono do niej Racławice i Czubrowice. W 1973 r. przemianowano ją na gminę, w 2 lata później połączono ją z gminą Jerzmanowice i powstała Gmina Jerzmanowice-Przeginia, licząca 8 sołectw. Ta gmina w 1999 r. zastała przyłączona do Powiatu Krakowskiego i Województwa Małopolskiego. Po wojnie nastąpił znaczny rozwój wsi. W 1974 r. wybudowano ośrodek zdrowia, który do użytku przekazano w 1976 r. Elektryfikacja wsi nastąpiła w 1955 r., a w 1959 r. wybudowano nową remizę OSP. Budowę rogi asfaltowej ukończono w 1963 r., która później stała się wielką uciążliwością ze względu olbrzymie nasilenie ruchu drogowego.= Gazyfikację rozpoczęto w 1978 r., a ukończono w latach 80-tych. Telefonizację wykonano pod koniec lat 90-tych. Nową remizę OSP wybudowano w 2006 r., natomiast kanalizację rozpoczęto budować w 2001 r. i jest już prawie gotowa. Budowę szkoły rozpoczęto w 1978 r. , a zakończono 1983 r. łącznie z domem nauczyciela. W 1999 r. utworzono gimnazjum, któremu nadano imię Jana Pawła II. Dekretem ks. bpa Adama Śmigielskiego z dnia 28 września 2003 r. kościół przegiński został podniesiony do godności Sanktuarium Najświętszego Zbawiciela.