Województwo małopolskie charakteryzuje się dużym zróżnicowaniem rodzajowym, gatunkowym i typologicznym gleb. Ich występowanie wiąże się ściśle ze skałami macierzystymi, ich składem granulometrycznym, szatą roślinną, urozmaiconą rzeźbą terenu oraz warunkami klimatycznymi.
Gleby Wyżyny Śląsko-Krakowskiej, w której położona jest Gmina Jerzmanowice - Przeginia to wytworzone na polodowcowych piaskach gleby bielicoziemne, szkieletowe rędziny na wapieniach oraz brunatnoziemne wytworzone na płatach lessowych.
Na obszarze Gminy dominują gleby brunatne zajmujące obszar ok. 4 600 ha, które wytworzyły się na podłożu zawierającym drobne ilości węglanu wapnia, na terenie występowania lasów liściastych. Oprócz brunatnoziem występują również gleby pseudobielicowe (480 ha) i rędziny (200 ha). Gleby psudobielicowe znaleźć można głównie w rejonie Olkusza na wzniesieniach. Są to gleby, które powstały na podłożu ubogim w węglan wapnia przy współudziale lasów iglastych. Z kolei rędziny powstały na skałach zawierających węglan wapnia (dolomity, wapienie, margle). Według charakterystyki bonitacyjnej gleby z obszaru Gminy Jerzmanowice – Przeginia można zaliczyć do gruntów ornych III i IV klasy oraz użytków zielonych klasy IV, V, VI. Natomiast większość glen w gminie ma odczyn kwaśny (83%), około 30% gleb wymaga wapnowania w stopniu koniecznym, dla 16% jest to potrzebne, a dla 20% wskazane.