Królewska wieś Gotkowice, najmniejsza w Gminie Jerzmanowice – Przeginia, leżąca przy starym trakcie Kraków-Olkusz-Sląsk, swymi początkami sięga XIV wieku. Jednak pierwsza wzmianka o Gotkowicach występuje dopiero w dokumencie królewskim Władysława Jagiełły z 20 marca 1406 r., w którym król dobra ojcowskie, w tym Gotkowice, przekazał swemu sekretarzowi, rycerzowi Janowi Mężykowi herbu Wadwicz.

Gotkowice to nazwa patronimiczna, pochodząca od nazwy osobowej Godek, [Godzimir, Godzisław]. Od początku swego istnienia należały do parafii jerzmanowickiej, która istniała już w 1335 r. Zawsze należały do niegrodowego starostwa ojcowskiego, stanowiącego dobra królewskie aż do trzeciego rozbioru Polski w 1795 r. W XV w. Gotkowicach gospodarowało pięciu kmieci na 6 łanach i 1 pręcie, czyli na ponad 300 morgach. Do XVI w. gospodarzom żyło się dostatnio, obciążenia na rzecz zamku były niewielkie. Już w tych czasach istniała tu duża karczma, ze stajnią, z wysokim czynszem na rzecz zamku ojcowskiego. Dziesięcinę snopową i konopną gospodarze z Gotkowic oddawali do altarii św. Marii Magdaleny w Katedrze Wawelskiej. W II połowie XVI w. nastąpiło stopniowe pogorszenie się warunków życia. Gdy starosta ojcowski Stanisław Płaza znacznie podwyższył obciążenia – mieszkańcy Gotkowic, Jerzmanowic i Szklar wysłali delegację do króla Zygmunta Augusta ze skargą na starostę. Delegacja została wysłuchana w Lublinie gdzie przebywał król i uzyskała dekret opatrzony pieczęcią królewską nakazujący staroście stosowanie się do dawnych praw i posiadanych przywilejów włościan. Jednak najgorsze czasy nastały po roku 1646, gdy Polska wkroczyła w 55 letni okres wojen z Chmielnickim, Tatarami, Moskwą, Szwecją i Siedmiogrodem. Oprócz zniszczeń i głodu nastąpił pomór ludności z powodu epidemii dżumy i febry. W czasie „potopu szwedzkiego” wszystkie wsie, a szczególnie te leżące przy trakcie i przemarszu wojsk szwedzkich, a również koronnych, były plądrowane, rabowane i palone. Mieszkańcy tych wsi doświadczyli wszelkich, możliwych okrucieństw wojny. Największe zniszczenia Gotkowic nastąpiły w 1655 r. po kapitulacji Krakowa i poddaniu się zamku ojcowskiego Szwedom. Lustracja w 1660 r. wykazała tylko trzech drobnych gospodarzy. Nawet jeszcze po 30 latach ciągle jeszcze brakowało ludzi, domów, zwierząt pociągowych i ziarna do siewu. W Gotkowicach znajdowało się jedno z czterech wybraniectw w starostwie ojcowskim. Pierwszego posesora łanu wybranieckiego notuje lustracja z 1620 r. i prawie przez półtora wieku wybrańcy z Gotkowic walczyli na terytorium całego kraju, jak również poza jego granicami, co było udokumentowane na kwitach poświadczonych przez rotmistrzów. Na polach leżących odłogiem powstał folwark wykazany 1684 r. Znacznie później, bo w r. 1762 do tego folwarku dołączono łan wybraniecki i w wówczas cały jego obszar wynosił około 130 morgów. Przedtem jednak, gdy Szwedzi ponownie zajęli Kraków w 1702 r., wszystkie wsie starostwa zostały obłożone kontrybucjami, a w 1715 r. w Gotkowicach stacjonowała przez kilka tygodni, na przednówku, chorągiew rajtarska arkebuzów starosty pilzneńskiego Jana Tarły, co doprowadziło do dalszego zubożenia wsi. Z powodu podwyższania powinności przez zamek, różnych nieznośnych krzywd i uciemiężeń, mieszkańcy Gotkowic i Jerzmanowic złożyli w 1788 r. suplikę do Sądu Referendarskiego w Warszawie przeciw starościnie ojcowskiej Mariannie Załuskiej, Długi i bardzo kosztowny dla tych wsi proces referendarski, wielokrotnie odraczany aż do r. 1793 zakończył się wyrokiem pozytywnym dla pozywających, ale już nie został zrealizowany z powodu trzeciego rozbioru i utraty niepodległości Polski. Pierwszy spis ludności w dziejach Polski uchwalony przez Sejm Czteroletni w 1789 r. wykazał w latach 1791 – 92 istnienie w Gotkowicach 13 domów zamieszkałych przez 81 osób.Przez pół roku, od czerwca do grudnia 1794 r. „gościli „ tu Prusacy, następnie wkroczyli Austriacy, dopiero 1809 r. ten teren przejęło Księstwo Warszawskie, a po upadku Napoleona został włączony do Polskiego Królestwa Kongresowego w 1815 r. Taki stan trwał przez 99 lat do wybuchu I wojny światowej w 1914 r., do czasu wkroczenia armii austriackiej, która dopiero została wypędzona w 1918 r. po uzyskaniu niepodległości. W listopadzie i grudniu 1914 r., przez 6 tygodni Gotkowice były na linii frontu po stronie austriackiej. Zniszczenia były duże, ponieważ wszystkie budynki były drewniane, jedynie zabudowania byłego folwarku były murowane i w obszernych, murowanych piwnicach z grubym sklepieniem, duża część mieszkańców znajdowała schronienie przed szrapnelami rosyjskimi, a reszta szukała schronienia w przydomowych „dekonkach”. Głód i różne epidemie, w tym grypa hiszpanka dokonały wielkiego nasilenia zgonów ludności. Na końcach wsi znajdowały się dwa olbrzymie groby zbiorowe żołnierzy austriackich, a najwięcej węgierskich, zwanych wówczas Madziarami. Ekshumacja tych grobów nastąpiła dopiero w latach trzydziestych do Trzyciąża, Jangrtotu i Zadroża, gdzie spoczywa wiele tysięcy żołnierzy.

Po odzyskaniu niepodległości granice państwa musiały być ustalane poprzez działania zbrojne, żaden zaborca nie był skłonny wycofać się z zagrabionych terenów. Czterech mieszkańców Gotkowic brało udział w wojnie polsko – bolszewickiej. Minęło dwadzieścia lat i znów agresja niemiecka i radziecka, w tej wojnie obronnej brało udział pięciu mieszkańców. W czasie okupacji większość młodzieży należała do Batalionów Chłopskich, a następnie do Armii Krajowej. W Powstaniu Warszawskim brał udział 22 letni mieszkaniec Gotkowic w szeregach 36 Pułku Piechoty Armii Krajowej w obwodzie Warszawa Śródmieście. Był kontuzjowany w głowę, ale walczył do końca. Po kapitulacji 2 października 1944 r. dostał się do niewoli niemieckiej, gdzie został wywieziony do stalagu XI B w Fallingbostel. Po zakończeniu wojny służył w Polskich Siłach Zbrojnych na Zachodzie do 1947 r. W 1944 r. Gotkowice znalazły się pośrodku niemieckich fortyfikacji: od wschodu były bunkry, rowy strzeleckie i zasieki z drutu kolczastego, a od zachodu rów przeciw czołgowy. Gdyby Wehrmacht zdążył obsadzić te umocnienia wówczas wieś mogłaby przestać istnieć. 17 stycznia 1945 r. Gotkowice zostały szturmem zdobyte przez Armię Radziecką, natomiast do 20 stycznia Niemcy okupowali Przegnię i przez 3 dni trwały zacięte walki z udziałem artylerii. Mieszkańcy Gotkowic znów się chronili w obszernych piwnicach byłego dworu. Ten zabytkowy murowany budynek dworski został rozebrany dopiero w latach 70 ubiegłego wieku. Murowane budynki gospodarcze, w tym owczarnia, zostały rozebrane po II wojnie światowej. Ostatni właściciel folwarku w Gtkowicach Abram Mordka Ehrlich dokonał jego podziału na 73 działki w 1900 r. i sukcesywnie dokonywał ich sprzedaży. Wszystkie te działki znajdują się na najbardziej urodzajnym obszarze, zwanym nadal na pańskim.

Rozwój wsi pod względem gospodarczym i kulturalnym rozpoczął się w latach międzywojennych, gdy powstała czteroklasowa szkoła podstawowa, i działał Związek Młodzieży Wiejskiej, jednak dopiero po II wojnie światowej pierwsze osoby ukończyły wyższe studia, dochodząc nawet do tytułu profesorskiego. Zasługi dla rozwoju wsi ma również Ochotnicza Straż Pożarna zorganizowana przed ponad półwiekiem, gdy dominowały jeszcze budynki drewniane kryte strzechą. Społecznym wysiłkiem zelektryfikowano wieś, jak również wykonano wodociąg, gazociąg i telefonizacje. Dużym nakładem Gminy Jerzmanowice – Przeginia wykonano kanalizację. W końcowej fazie budowy jest kaplica p.w. Świętych Apostołów Piotra i Pawła, jako wotum Stwórcy za przetrwanie tych sześciu trudnych stuleci.