Przed "szwedzkim potopem" w 1655 r. Rzeczypospolita poniosła wiele klęsk militarnych w licznych wojnach z Chmielnickim, Tatarami, wojskami carskimi, a w latach 1651 - 52 zanotowano liczne klęski żywiołowe: wylewy rzek, silne mrozy i wichury, co było przyczyną nieurodzaju, a następnie wybuchu dżumy i febry. W czasie oblężenia Krakowa przez Szwedów, zdobywania zamków w Ojcowie i Pieskowej Skale nastąpiły totalne grabieże trwające przez cały dwuletni okres okupacji szwedzkiej. Cały obszar starostwa ojcowskiego będącego posiadłością królewską, do którego m.in. należały Jerzmanowice i Gotkowice, leżące przy ruchliwym trakcie, były szczególnie najbardziej zniszczone. Lustracja z 1600 r. wykazała, że ponad 75% gospodarstw było opuszczonych.

Brak budynków, zboża do siania, zwierząt pociągowych: koni i wołów niezbędnych do uprawy ziemi, spowodował tułanie się ludzi po gościńcach. To zubożenie chłopów z tego starostwa skłoniło bogatego kupca krakowskiego Jana Sroczyńskiego do ufundowania szpitala dla ubogich i kaplicy w Jerzmanowicach, z których Sroczyński wyemigrował około r. 1645. Jako człowiek wykształcony był wójtem na zamku krakowskim i właścicielem bogatych kramów i składów, oraz dwóch kamienic. Był aktywnym członkiem Arcybractwa Miłosierdzia w Krakowie.

W 1682 r. wpłynął wniosek do starosty ojcowskiego w sprawie zamiaru budowy tych obiektów w Jerzmanowicach. Starosta przychylił się do tej prośby i skłonił karczmarza Bartłomieja Śladowskiego do sprzedaży "15 zagonów ziemi na jedno stajanie długich" za 45 florenów. Powołanie tej fundacji Sroczyńskiego zatwierdził 29 marca 1683 r. król Jan III Sobieski, po uprzednim wyrażeniu zgody imieniu diecezji krakowskiej przez sufragana Stanisława Szembeka.

Problem przytułków dla ubogich poruszyła konstytucja w 1496 r. a którą przytoczł w 1588 r. sejmik szlachty województwa krakowskiego, gdzie zapisano „aby każda wieś i miasteczko swego ubogiego, kędy się urodził, albo zestarzał chować do śmierci powinni”. Również sobór w Trydencie (1545 - 63 r.) zalecał tworzenie i utrzymywanie przez władze kościelne przytułków przy każdej parafii.

Barokowa kaplica została zbudowana z cegły i kamienia o wymiarach 10,5 x 6,75 m. Składa się z jednej nawy i półkoliście zamkniętego prezbiterium. Fasada jest dwukondygnacyjna. Na podstawie podobieństw stylowych historycy sztuki wiążą ją z nazwiskiem Jana Solariego, projektanta kościoła Św. Krzyża, restaurowanego przez Jana Sroczyńskiego. Wnętrze nakrywa dwuprzęsłowe sklepienie kolebkowe z lunetami. Kaplica została konsekrowana 4 lipca 1688 r. przez biskupa Oborskiego. W XVIII w. dobudowano kruchtę i zakrystję. Budynek szpitalny był zasiedlony w 1686 r. przez pierwszych pensjonariuszy i był przewidziany dla pięciu ubogich. Wszystkie wydatki związane z utrzymaniem szpitala i kaplicy były zabezpieczone na długie lata przez utworzoną fundację czerpiącą fundusze z czynszów kamienicy przy ul. Grodzkiej w Krakowie, wynoszących 450 florenów rocznie. Kaplica była narażona na zniszczenie w czasie I wojny światowej, gdy była na linii frontu. Polegli żołnierze zostali pochowani od jej południowej strony. Również po II wojnie światowej była w opłakanym stanie, np. dach został wykonany ze strzechy. W lach 70 i 80 ubiegłego wieku ks. proboszcz Józef Krzykawski doprowadził do uporządkowania kaplicy i częściowego jej ogrodzenia, wprowadzając zwyczaj odprawiania mszy św. w każdą niedzielę, na którą uczęszczali nie tylko okoliczni mieszkańcy, ale również osoby przejeżdżające ruchliwą drogą DK 94. W 1999 r. przeprowadzono kapitalny remont kaplicy, na dachu położne nowe gonty, wyremontowano instalacje elektryczną, konserwacji dwóch ołtarzy dokonała Akademia Sztuk Pięknych w Krakowie. Ostatnio wyremontowano elewację kaplicy. W miejscowej tradycji kaplica była przez wieki kojarzona z odsieczą Wiednia przez króla Jana III Sobieskiego w 1683 r. Ta legenda została przez Andrzeja Derejskiego w 1934 r. pięknie opisana wierszem, a oto jego fragment :

Dolina jerzmanowska z okolic Ojcowa,
Odległa o trzy mile od miasta Krakowa,
Zaczyna się od drogi, którą król Jan Trzeci
Szedł na obronę Wiednia z potęgą swych kmieci
I tu spędzał noc pierwszą w wojennej wyprawie,
W namiocie ustawionym pod lipą na trawie.
Następnego dnia wcześnie, przed wschodem słońca,
Gdy armie królewskie ciągnęły bez końca,
Król klęczał przed ołtarzem na srebrnym kobiercu,
Słuchając mszy polowej z wielką skruchą w sercu,
Tak kończył swą modlitwę:
Boże! Oto Ci uroczyste składam ślubowanie,
Że w tym miejscu przybytek wiary Twojej stanie,
Jeśli wojsku mojemu dasz potrzebne męstwo
I odniesie nad wrogiem kościoła zwycięstwo.
Jak wiemy z historycznej w tej sprawie powieści,
Którą się dziś złośliwie przeinacza w treści,
Oręż Polski , pod Wiedniem na wieki się wsławił,
A król wróciwszy z wojny kaplicę postawił
Na miejscu gdzie podczas mszy zrobił ślubowanie
I patrona swojego nadał jej wezwanie.

Kaplica pw. Św. Jana Chrzciciela jest najstarszym budynkiem murowanym nie tylko w parafii Jerzmanowice, ale również w całej Gminie Jerzmanowice-Przeginia i jest wpisana do rejestru zabytków. Od roku 2012 trwają prace renowacyjne. Odnowiona została elekwacja kaplicy dzieki dotacjom z Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego przy współpracy z Wojewódzkim Konserwatorem Zabytków z Krakowa.