Pod patronatem królewskim powstał pierwszy drewniany kościół w Przegini pod wezwaniem św. Mikołaja w latach 1325 - 27. Wówczas plebanem był Andrzej (Andreas plebanus de Pregina). Krakowski ks. bp Iwo Odrowąż nadaje dziesięciny z nowizn wsi Przeginia klasztorowi w Dłubni, natomiast świętopietrze od parafii wynosiło 14 skojców. Wówczas do tej parafii oprócz Przegini należaly następujące miejscowości : Olewin, Osiek, Zimnodół, Zederman i Sieniczno, a Kosmolów dopiero od r. 1611. 

Przeginia początkowo była własnością książęcą, następnie monarszą, a od r. 1422 już formalnie król Władysław Jagiełło potwierdził posiadanie przez Piotra Szafrańca zamku Pieskowa Skała wraz przynależnymi wsiami, w tym Przegini, za zasługi takie jak udział w bitwie pod Grunwaldem na czele własnej chorągwi. W okresie reformacji Stanisław Szafraniec, właściciel klucza Pieskowa Skała w latach 1550 – 55 w swoich posiadłościach zamienił kościoły na zbory kalwińskie. Zborem w Przegini zawiadował kacerz zamieszkały w Sułoszowie. Wierni wówczas należeli do parafii Gołaczewy. Parafianie zdołali ukryć niektóre cenne przedmioty kościelne, jak ornaty z komżą, płaszcz liturgiczny, kielich, sygnaturkę i trzy dzwony. Dopiero nowy właściciel tych dóbr Maciej Łubnicki w 1602 r. zwrócił kościół katolikom i osadził na probostwie w Przegini Bartłomieja z Pajęczna, późniejszego plebana w Sąspowie.

W 1662 r. został wybudowany nowy kościół murowany pw. św. Jana Chrzciciela i św. Michała Wyznawcy. Fundatorem był miecznik koronny, starosta lanckoroński i śniatyński Michał Zebrzydowski herbu Radwan. Świadczy o tym napis umieszczony na płycie ponad wejściem do skarbczyka, że Michał Zebrzydowski wzniósł świątynię od fundamentów i ją wyposażył. W tym samym roku sufragan krakowski ks. bp Mikołaj Oborski dokonał jego konsekracji. Przy kościele istniał w 1663 r. przytułek [szpital] dla ubogich. Po odłączeniu Przegini od zamku szpital w 1846 r. przestał istnieć, ponieważ już nie był utrzymywany przez zamek. Od XV w. istniała szkoła parafialna o czym świadczy dokument z 1659 r., gdy nauczycielem był Stanisław. Jeszcze wcześniej było kilku studentów z Przegini na Akademii Krakowskiej w latach 1424, 1440, i 1448. W 1679 r. kościelny Wojciech Kania ufundował dzwon istniejący do naszych czasów. Według wizytacji ks. Ptaszyńskiego w 1783 r. kościół posiadał następujące wymiary: 30 łokci (ok. 17,3 m.) długości i 15 łokci (8,6 m.) szerokości, natomiast inwentarz wykonany w 1838 r. podaje wymiary: długość 45 łokci (ok.30 m.) , szerokość 30 łokci (17,3 m.). Za czasów proboszcza ks. Feliksa Banasińskiego w latach 1902 – 08 kościół został przebudowany w stylu neogotyckim i powiększony na kształt łacińskiego krzyża. Długość kościoła wynosi 33 m., szerokość 8,5 m. Wielkość bocznych kaplic wynosi 7 x 6 m., a po obu stronach prezbiterium są dwie zakrystie o wymiarach 7 x 4 m. Całość jest sklepiona.  Po zakończeniu prac kościół został konsekrowany przez ks bpa Augustyna Łosińskiego, ordynariusza kieleckiego. Należy dodać, że ks. Banasiński był inicjatorem budowy szkoły w Przegini i Kasy Stefczyka w Sułoszowej. Po śmierci w 1915 r. został pochowany na przegińskim cmentarzu. W 1916 r. władze austriackie chciały zarekwirować kościelne dzwony, czemu sprzeciwili się parafianie i z 16 na 17 października 1916 r. zostały ukryte w piwnicy domu Tomasza Glanowskiego i mimo brutalnych przesłuchań nie wydano miejsca ich ukrycia.

W kościele znajduje się pięć ołtarzy: ołtarz główny z Panem Jezusem Ukrzyżowanym, z cudownym obrazem Pana Jezusem Miłosiernego i relikwiami św. Siostry Faustyny Kowalskiej, Apostołki Miłosierdzia, św. Jana Nepomucena, Matki Bożej Różańcowej i św. Franciszka. Według legendy historia cudownego obrazu Pana Jezusa Miłosiernego zaczyna się w XVII w. , gdy rycerz z Sieniczna w walkach z kozactwem na kresach uratował z płonącego kościoła obraz Zbawiciela. Opasany tym obrazem wrócił cało z tej wyprawy wojennej i w dowód wdzięczności umieścił w kaplicy w Sienicznie. Sława tego obrazu skłoniła bpa krakowskiego do przeniesienia go do kościoła w Przegini. Jego wymiar 131 x 80 cm. Obraz namalowany jest na płótnie, na które nałożona jest metalowa szata srebrna i metalowa korona cierniowa, złota. Obraz jest umieszczony za zasłoną, na której jest namalowany obraz św. Józefa z Dzieciątkiem Jezus. Przy odsłanianiu i zasłanianiu śpiewana jest pieśń:

Witaj [Żegnaj] , Najsłodszy Odkupicielu.
Tobie hołd składa zebrany lud.
Boski nasz Mistrzu, Nauczycielu,
Prosimy, byś nas do nieba wiódł.

Tyś Swoje życie na krzyżu złożył,
Aby przez Mękę odkupić świat.
Daj, by duch wiary w nas znowu ożył,
I każdy bliźni był dla nas brat.

Daj nam na co dzień krzyża kochanie,
By nas wzbogacał w zasługi trud.
Obmyj nas w serca Twojego ranie
Prosimy, byś nas do nieba wiódł.

Odpust ku czci Najświętszego Zbawiciela jest w ostatnią niedzielę września. Drugi odpust jest ustanowiony ku czci św. Jana Nepomucena wyznaczony jest na 21 maja (jest mniej uroczysty). Do parafii obecnie należy: Przeginia, Zimnodół, Kosmolów, Zederman oraz Zadole Kosmolowskie. Parafia liczy około 3600 wiernych i należy do dekanatu Sułoszowa i diecezji Sosnowiec.